化学与分子工程学院的前身是南京化工学院于1983年正式建立的应用化学系，由基础课部的四大化学教研组和腐蚀与防护专业教研组（招收腐蚀与防护专业，1974年）发展而来，1985年设置生物化工、工业分析专业，1989年设置应用化学专业，2002年设置化学专业（化工学院），2000年与数学教研组、物理教研组合并成立理学院。2015年4月由理学院的应用化学系和化学化工学院的化学专业合并组建化学与分子工程学院。

学院下设化学系、应用化学系、化学教学实验中心等教学单位，以及先进化学制造研究院（IAS）、水处理技术研究所、应用化学研究所、氟化学应用技术研究所、化学生物学与功能分子研究所等科研机构。

学院拥有化学博士后科研流动站（2023年）、化学一级学科博士点（2021年）、材料与化工专业博士点（2021年）、应用化学二级学科博士点（2001年），化学一级学科硕士点（2006年），应用化学（1981年）、有机化学（2003年）、分析化学（2006年）等3个二级学科硕士点，材料与化工（2019年）二级学科专业硕士点，以及化学（2002年）、应用化学（1989年）等2个本科专业。化学学科获批“十四五”江苏省重点学科。化学专业为国家一流本科专业（2020年），应用化学专业入选省级一流本科专业建设点（2022年）。学院牵头的“化学拔尖学生培养基地”为省级基础学科拔尖学生培养计划2.0基地建设点。在2022“软科中国大学专业排名”中，“应用化学”和“化学”两个专业分别获评A、B+等级，分列全国第38、58名。学院支撑建设的化学学科继续保持在ESI全球排名前1‰（2021年1月首次进入ESI全球排名前1‰，排名世界第121位。2024年3月上升至0.038%，全球排名第74位）。

学院拥有国家实验教学示范中心分中心、省级化学基础课实验教学示范中心、石油和化工行业水处理化学品工程研究中心、江苏省水化学与工业水处理工程研究中心等国家和省部级科研平台，也是江苏省农用化学化工专业委员会和江苏省水化学水处理专业委员会的挂靠单位。

学院现有教职工147人，外籍全职教师2人，其中专职教师108人，正高40人，专职教师博士化率98.15%，具有海外经历占比84.7%。拥有国家级人才4人次，江苏特聘教授3名，江苏“外专百人计划”1名，江苏“双创人才”2名，江苏“双创博士”17名，全国化工优秀科技工作者1名，江苏省“333高层次人才培养工程”二层次1名、三层次2名，江苏省“青蓝工程”中青年学术带头人3名、省杰青1人，省优青4人，省“六大人才高峰”高层次人才5人，南京市有突出贡献的中青年专家1名。2016年成立的先进化学制造研究院（IAS），汇集了来自美国哈佛大学、耶鲁大学、宾夕法尼亚大学、芝加哥大学、西北大学、纽约大学、德国慕尼黑大学、西班牙加泰罗尼亚化学研究所等世界一流大学的杰出学者。

学院以教学工作为中心，承担全校基础化学教学工作，加强师资队伍建设，不断提高教学工作水平。近年来，先后涌现出《无机与分析化学》等一批省级精品课程。指导省级重点（国家级）“大学生创新创业与实践开放基金”项目数十项，主编《分析化学》、《无机与分析化学》、《物理化学》、《有机化学》、《有机化学微型试验》、《化学类专业实验（双语版）》等教材十余部。获得全国高校教学微课大赛、全国“互联网+”大学生创新创业大赛、省高校青年教师教学竞赛、省高校微课教学比赛、省教学研究成果奖以及省优秀毕业论文等奖项20余项，发表教学改革论文100余篇。

学院先后承担国家重大专项课题、国家重点研发计划、国家“863”计划课题、国家科技支撑项目、国家自然科学基金、省部级课题200余项，横向科研项目700余项，年均科研经费超过1000万元。获得国家科技进步二等奖1项、省部级奖10余项，获得国内外授权专利150余件。近五年来，在国内外学术刊物上发表SCI论文1000余篇，其中Science、Nature子刊、JACS、Angew. Chem. Int. Ed.、Adv. Mater.等高水平论文600余篇。

学院作为江苏省首批党建工作标杆院系培育创建单位、学校首批“三全育人”综合改革示范学院，始终坚持立德树人根本任务，贯彻“爱与服务”学生工作理念，落实“五育并举”，努力探索创新人才培养模式，着力培养担当民族复兴大任的时代新人。目前，全院在校生1427人，其中本科生922人、博士研究生43人、硕士研究生462人。近年来，本科生毕业班考研率达35%、就业率达96%，先后有140余名应届毕业生赴清华大学、复旦大学、中国科学院、University of Arizona、University of Copenhagen、National University of Singapore等海内外知名高校和科研机构深造；共有4篇研究生论文被评为江苏省优秀硕士、博士论文，23个项目获得江苏省研究生创新资金的资助，与日本神户大学、新加坡南洋理工大学、美国波士顿学院、韩国成均馆大学联合培养12名研究生；120余人次获得省级以上学科竞赛奖励。学院连续举办20余年的“中丹创新杯”实验技能大赛以及新近创立的江苏省普通高等学校大学生“安莱立思”杯水处理实验创新大赛、“普析杯”仪器测试大赛，已成为在省内具有较大影响力的大学生科技活动品牌。

展望未来，学院将坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，坚持立德树人根本任务，聚焦一流化学学科建设，固本强基，内涵发展，力争建设国际知名的高水平创业型化学学院。（2023年12月8日更新）